労働基準法第32条の４の１年単位の変形労働時間制（以下「変形労働時間制」といいます。）は、業務の繁閑に計画的に対応するための制度です。
このため、労使の合意があっても、対象期間の途中で、あらかじめ定められた労働日や労働時間を変更したり、労使協定を解約することはできません。

○ しかし、新型コロナウイルス感染症の影響により、発熱等の風邪の症状が見られる職員等への休暇取得の要請や全国的なスポーツ・文化イベント等の中止・延期・規模縮小等の要請がなされていることに伴い、新型コロナウイルス感染症対策を行う期間を対象期間に含む変形労働時間制を実施している事業場で、当初の計画どおり変形労働時間制を実施することが著しく困難となる場合も想定されます。
○ このため、そのような場合に限っては、特例的に、変形労働時間制の途中での労働日や労働時間の変更や、労使協定の解約も可能と解されます。

詳細は下記サイトをご参照ください。

■新型コロナウイルス感染症対策に伴う変形労働時間制の労使協定の変更、解約について　－リーフレット

https://jsite.mhlw.go.jp/shiga-roudoukyoku/content/contents/000616115.pdf